Shinnyo-en prend ses racines dans le bouddhisme Shingon.
Au Japon, il existe deux grands courants traditionnels du Vajrayana: le Shingon et le Tendai, transmis depuis la Chine au début du IXème siècle de notre ère. Le Shingon trouve son origine dans les enseignements transmis en Chine par Maître Hui-kuo (Keika) au moine bouddhiste japonais Kukai (Kobo Daishi) en 804-806.
Après avoir enchâssé chez eux une représentation du Bouddha immuable réalisée par un grand sculpteur bouddhiste japonais, probablement au XIIème siècle, Shinjo Ito et son épouse Tomoji accomplissent leur premier entraînement religieux en janvier 1936 et s’engagent sur la voie religieuse.
En mai 1936, à Kyoto, Shinjo Ito prononce ses vœux à Daigoji, l’un des monastères principaux de l’école Daigo du Bouddhisme Shingon. Après avoir reçu en mars 1943 la transmission du Dharma du Monde du Diamant et de la Matrice, il est nommé Grand Acharya (Grand Maître), ce qui lui permet de fonder sa propre école.
Shinso Ito, fille des fondateurs Shinjo et Tomoji, leur succède en tant que cheffe spirituelle de l’ordre en 1989, après avoir achevé l’ensemble de ses entraînements monastiques en 1971. Le Monastère Daigoji lui confère en 1992, tout comme à ses parents fondateurs de Shinnyo-en auparavant, le rang de Daisojo, le plus haut rang monastique dans le Bouddhisme Shingon.
En 1997, le Monastère Daigoji consacre sur son site un oratoire dédié au courant du Dharma Shinnyo Samaya et aux fondateurs de Shinnyo-en.